Fakultas Sastra Universitas Balikpapan dipimpin oleh seorang Dekan dibantu dengan seorang Wakil Dekan. Tepat dibawah Wakil Dekan ada Ketua Program Studi (Prodi) yang bertanggung jawab penuh atas Program Studi yang ada di Fakultas Sastra Universitas Balikpapan dibantu oleh para Dosen Fakultas. Dibawah itu ada Staff Fakultas yang  mencakup Staff Akademik, Staff Administrasi Umum, dan Staff Keuangan yang juga membantu dalam memberikan pelayanan kepada para Mahasiswa serta club-club Mahasiswa yang ada di Fakultas Sastra Universitas Balikpapan (Translation Club dan Drama Club). Dan juga ada Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas Sastra yang ikut membantu dalam menjembatani antara setiap Mahasiswa/Club Fakultas untuk setiap Aspirasi/Keluhan yang ada ke Fakultas secara terstruktur dan sesuai prosedur. Badan Eksekutif Mahasiswa Fakultas Sastra (BEMFS) bertanggung jawab langsung kepada Wakil Dekan yang juga Sebagai Pembina BEMFS.